Над фильмом работали последовательно три режиссёра. Первым из них был Геннадий Сидоров. По его замыслу, «Апостол» должен был стать историей «о человеке, чью жизнь бессмысленно давят и калечат бесчувственные жернова тупой власти».

Отсняв 9 серий, Сидоров ушёл со скандалом. Он так отзывается о фильме

По требованию Сидорова, его имя убрали из титров. Вместо него в титрах стоит вымышленное имя Иван Иванов.

После ухода Сидорова над фильмом по просьбе Миронова временно работал Николай Лебедев. Его имени также нет в титрах. Он говорит:

Третьим и последним режиссёром был Юрий Мороз. В интервью он заявил:

Пётр Истомин вроде бы идёт на сотрудничество с НКВД. В обмен на более комфортные условия содержания он сообщает имена немцев, преподававших в разведшколе. По предложению Хромова Пётр легко вскрывает сейф в его кабинете, подтверждая тем самым свою воровскую специальность — медвежатник. На требование рассказать о Гельдрихе подробнее, Пётр отвечает, что потерял память из-за травмы во время приземления, и просит, чтобы его отвезли в родной дом, где он не был 20 лет: там, в месте, где прошло его детство, к нему вернётся память. Хромов и Дёмин решают удовлетворить его просьбу.

В квартире Пётр говорит, что ему срочно надо в туалет. В туалете он открывает потайную дверцу в потолке и выбегает на крышу. За ним гонятся, он уходит по крышам всё дальше. У Шаповалова не выдерживают нервы: несмотря на приказ Хромова «не стрелять», он стреляет в Петра, который падает с крыши и разбивается насмерть.

Дёмин устраивает Хромову разнос за то, что тот допустил побег и гибель Петра. Хромов же подготовился к этой встрече и выкладывает свой последний козырь: у Петра Истомина есть брат-близнец Павел. Дёмин соглашается, что можно использовать этот шанс.

Павла Истомина доставляют в НКВД. Хромов приказывает ему работать с НКВД в качестве двойника Петра Истомина. Павел не хочет. Хромов объясняет ему, что отказ или провал задания будут рассматриваться как измена Родине: самого Павла расстреляют, его жену отправят в лагерь как члена семьи врага народа, а маленького сына - в детдом, где ему дадут другую фамилию. Павел вынужден согласиться.

Лида и Серёжа

Тело Петра отправлено на Соловки и его выдают за тело скончавшегося Павла. Лиде Истоминой сообщают, что её муж умер в райцентре, в кабинете районо. Комендант (Михаил Панюков) после сообщения этой новости начинает приставать к Лиде; она бьёт его горячим утюгом. Комендант в ярости и грозится с ней расквитаться. Несмотря на запрет коменданта, Лида едет в районный морг и, осмотрев тело «Павла», находит татуировку волка. Она понимает, что это не её муж и пытается добиться правды. По настоянию коменданта её отправляют в психиатрическую лечебницу как буйную сумасшедшую. Её сына Серёжу отправляют в детский дом.

Павел о судьбе жены и сына не знает. В изоляции от внешнего мира он проходит курс интенсивных тренировок:
Павел - мягкий интеллигентный человек, учитель математики, не имеющий никакого отношения к уголовному миру. Любой уголовник вмиг поймёт, что Павел — не вор в законе; внешнее сходство с братом его не спасёт. Хромов вызывает вора в законе по кличке Дукат, хорошо знавшего Петра, и предлагает ему сделать из Павла настоящего Щелкуна. Взамен Хромов обещает назвать Дукату имя стукача, из-за которого тот посажен на 15 лет. Дукат соглашается. Он заставляет Павла пить чифир, курить, демонстрирует ему подлые приёмы уголовников (например, внезапно взять собеседника двумя пальцами за нижнюю губу), учит его блатному жаргону, а ещё психологическим установкам, которые должны быть у авторитетного вора в законе. Обучение тяжёлое и мучительное, но приносит плоды: из робкого учителя математики Павел превращается в сильного и независимого «вора в законе». По окончанию обучения Хромов, как обещал, показывает Дукату страницу из дела, где написано имя стукача. После этого Дуката убивают выстрелом в затылок.
Павла учат немецкому языку. Хотя Пётр немецкого не знал (и, значит, не знает по легенде и Павел), разведчик должен знать язык страны, в которой работает. Учительница Павла - мать Хромова, немка по национальности. Таким образом, Хромов наполовину немец.
Павла учат стрельбе и теории охоты. Гельдрих - заядлый охотник, и на охоте к нему будет легче подобраться.
Павла учат открывать сейфы. К этому он выказывает такие же блестящие способности, как и его близнец.
Павла учат рукопашному бою. Он оказывается очень плохим бойцом. Хромов даже хочет прекратить операцию, но напоследок приглашает лучшего преподавателя единоборств. Тот объясняет учителю математики Павлу про применение в борьбе рычагов первого, второго и третьего рода, пишет формулы. Получив объяснения на понятном ему языке, Павел легко раскидывает двух соперников.

Всему этому Павла учат одновременно. Кроме того, Павел, в отличие от брата, близорук и носит очки. Из лагеря привозят гениального врача, разработавшего операцию по коррекции зрения. Операция была принята в штыки его коллегами, и он попал в лагерь. Во время поездки в лагерь Хромов встречается со своей женой: она тоже заключённая, и Хромов не может её освободить. До конца срока жене Хромова остаётся ещё 8 лет. Врач оперирует Павла, успешно ликвидируя его близорукость, и получает от Хромова орден и квартиру в Москве, а также восстанавливается на прежнем месте работы.

Также Павлу делают все татуировки, которые были на теле его брата, и вставляют фиксы.

Первое из писем, написанное Лидой сыну, передают Павлу как письмо ему самому. Все имена вымарывают якобы из соображений конспирации. Фразу «слушайся старших» объясняют как совет подчиняться старшим по званию. Подозрения Павла вызывает обращение жены и её подпись: в письмах к нему она всегда в шутку называла его Лобачевский, а подписывалась как Софья Ковалевская. Хотя обращение и подпись вымараны, они слишком коротки для этих слов. Тем не менее он не догадывается об истинной судьбе жены и сына.

Павел отправляется за линию фронта. Перед отправкой Хромов даёт ему агентурную кличку Апостол по ассоциации с именами Павел и Пётр. Для того, чтобы завоевать доверие немцев, Павел получает микрофильм с чертежами нового самолёта, который должен поступить на вооружение через месяц. По словам Хромова, чертежи подлинные.

Попав в разведшколу абвера, Павел передаёт чертежи командованию. Ему приказывают написать всё, что с ним произошло на советской территории. Павел умеет подделывать почерк брата (в детстве часто писал за него диктанты). После того как Павел начинает писать, немцы начинают его бить и требовать, чтобы он писал правду о том, как он работал на комиссаров. Павел ругается, вставляя блатные слова, а потом плюёт в начальника разведшколы Штайница. Штайниц приказывает его расстрелять. Павла выводят на плац, и солдаты стреляют в него. Он падает.

Павел приходит в себя в лазарете. Всё предыдущее было проверкой, которую он выдержал. Павла награждают трёхдневным отпуском в Берлин.

Понимая, что здесь уважают силу, в столовой Павел устраивает драку с двумя другими русскими курсантами, здоровыми и крепкими парнями. Он раскидывает обоих. В столовой же Павел встречает повара по кличке Машка, который и там, и в дальнейшем относится к нему с обожанием.

Прапорщик наказывает Павла за драку нарядом вне очереди (мытьём пола). Получив ведро и тряпку, Павел поднимается наверх, но там все комнаты заперты. Павел не знает, какую комнату он должен мыть, и боится попасться на такой мелочи. После долгих поисков он находит в шкафчике ключ, заходит в одну из комнат и начинает её осматривать. Входит немецкий офицер. Это Хильда, единстванная женщина-офицер в школе. Внезапно Хильда начинает гладить и целовать Павла: оказывается, она была любовницей Петра. Пётр и Хильда спят. Хильда недовольна: Пётр «какой-то деревянный».

Павел отправляется в Берлин. Там он неожиданно встречает отца, который сумел его разыскать. Оказывается, отец Павла работал в ЧК. Отец рассказывает Павлу, что чудом сбежал из лагеря, спрятавшись в трюме английского корабля, когда заключённые работали на разгрузке кораблей. Его долго искали, но не нашли и сочли утонувшим. Теперь отец работает на немцев. Отец предлагает Павлу уехать: он достал для него деньги и документы. Павел отказывается: любой ценой он должен спасти жену Лиду и сына Серёжу. Павел расстаётся с отцом и возвращается в разведшколу.

В разведшколе идёт учёба. Павел тоже посещает занятия, то как учащийся, то как преподаватель. Другие курсанты недовольны презрительным отношением немцев к ним, русским. В беседах с ними Павел говорит о величии немецкой нации и близкой победе немцев. Павел продолжает спать с Хильдой.

Тем временем жена Павла по-прежнему в психиатрической лечебнице, а сын — в детдоме. Врач передаёт Лиде рисунки Серёжи, а Серёже — письма Лиды. В обмен на это врач спит с Лидой. Кроме того, Лида получает от него поблажки в режиме (санитары относятся к Лиде по-человечески, ей разрешается гулять во дворе).

Как и планировалось, Гельдрих приглашает Павла на охоту в качестве егеря (или приказывает ему участвовать в охоте): Гельдрих - заядлый охотник, Павел по легенде - тоже, и Гельдрих неминуемо выбирает Павла на роль егеря. Охотиться должны на кабана.

Охотничьи собаки выбраны неправильно: для охоты на кабана эта порода не годится. Кроме того, Павел обращает внимание, что Гельдрих курит. На охоте курить запрещено. Если Гельдрих не знает даже таких азов, значит, он к охоте не имеет отношения: это фальшивый Гельдрих. Павел решает, что убивать лже-Гельдриха нельзя: вся охота является очередной проверкой для Павла.

На группу нападают партизаны. Завязывается стрельба. Лже-Гельдрих попадает в болото, Павел спасает ему жизнь. За это Павла награждают орденом Дубовых Листьев II степени. Через связного - русского портного - Павел передаёт, что Гельдрих оказался фальшивым, и ликвидацию пришлось отменить.

Дёмин считает, что операция не удалась. Хромову поручено сопровождать архив польского генерала Андерса.

Дёмин приходит домой к матери Хромова предупредить её, что в НКВД ищут «крота» (двойного агента). Поскольку у Хромова мать немка, а жена - заключённая, есть опасность, что «кротом» объявят его.

Хромов приходит в больницу, где лежит Лида. Он грубо выталкивает её из постели, требует, чтобы она выполняла все его указания, походя даёт пощёчину, приказывает одеться в кавказский костюм и приводит в одну из комнат больницы. Туда же приводят Серёжу, тоже одетого в кавказский костюм и с игрушечной саблей. Им приказывают взяться за руки, перестать плакать, и фотографируют на фоне плаката «Привет из Кисловодска». За послушание Хромов позволяет Лиде некоторое время побыть с сыном. Сын рассказывает ей, что не рисовал никаких рисунков и не получал от неё никаких писем. Он также говорит ей, в каком детском доме находится; это не тот детдом, который называл врач.

Лида выкрадывает у врача ключи и сбегает из лечебницы.

Партизанам удаётся устроить взрыв прямо в разведшколе. За это немцы расстреливают каждого пятого курсанта. Павел оказывается пятым, но поскольку он - герой, вместо него расстреливают следующего. Кроме того, запрещены все увольнения. Павлу удаётся выйти из школы, поменявшись документами с поваром Машкой.

У связного его застаёт группа немцев. Это Хильда с подчинёнными: кто-то настучал. Хильда в бешенстве, она угрожает сурово наказать Павла за грубое нарушение дисциплины. В действительности она подозревает, что Павел нашёл любовницу, и ревнует. Павел уверяет Хильду, что просто заказывал костюм. Хильда приказывает портному принести костюм, а Павлу — примерить. Костюм отлично сидит на Павле. Рассеяв подозрения Хильды, Павел грубо её трахает (солдаты остались снаружи), после чего она с солдатами уезжает.

Хромов встречается с Павлом. Он подозревает, что Павел просто струсил или, хуже того, перебежал к немцам. Павел сообщает про собак и курение, про отсутствие следов порохового дыма на пальцах (обязательных для любого охотника); про то, что ночью лже-Гельдрих развлекался с одной из женщин, и она называла его Вальтер; и даже передаёт выкраденное им из палатки Гельдриха письмо. Девушка, пишущая письмо, тоже называет его Вальтер. Хромов вынужден согласиться с этими доводами. Павел говорит Хромову, что для убийства Гельдриха ему нужна очень жирная приманка. Хромов колеблется. Павел напоминает Хромову о его немецкой матери и жене-заключённой, и о грозящем ему расстреле в случае провала операции. Хромов рассказывает Павлу про архив Андерса.

Напоследок Хромов передаёт фотографию Лиды и Серёжи, якобы из Кисловодска, и сообщение на словах "любит, ждёт" от имени Лиды.

Хромов попадает в немецкую полицейскую облаву, а потом в тюрьму. Через три дня его освобождают. Павла за самовольную отлучку на неделю сажают в карцер.

Павел рассказывает немцам об архиве Андерса. Он предполагает, что захватить архив поручат ему.

Павел снова встречается с отцом. У отца всё готово: и билеты, и документы для Павла. Но Павел опять не хочет ехать. Он рассказывает отцу, что собирается захватить архив Андерса, а затем потребовать вернуть ему Лиду и Серёжу. Отец предупреждает, что такая игра с двумя разведками сразу смертельно опасна, но Павел хочет спасти свою семью.

Хромова арестовывают немцы, держат под арестом 3 дня, но потом отпускают, сочтя его документы подлинными.

Шиповалов считает Хромова немецким агентом: доказательства — его довоенная фотография с высокопоставленными немцами, несанкционированный отъезд за линию фронта, странное освобождение из немецкой тюрьмы. Дёмин вынужден согласится с этими доводами. Отдан приказ о его аресте.

Дёмин вновь приходит к матери Хромова, чтобы предупредить её об опасности, грозящей её сыну и ей. Он советует ей уехать. Она отказывается, обещает, если понадобиться, дойти до самого Берии, но спасти сына.

Хромов встречается с Кравченко, главой партизанского отряда, который предупреждён, что Хромова необходимо арестовать. Хромову удаётся уйти. В следующих кадрах он сидит в лодке и что-то передаёт по рации.

Хромов возвращается в Москву. Его арестовывает и избивает Шиповалов. Несмотря на побои, Хромов не признаёт себя немецким агентом. Фотографию объясняет тем, что встречался с немцами с целью завербовать их. Чертежи самолёта, переданные немцам — фальшика и дезинформация. К Хромову приводят мать, тоже избитую. Мать признаёт, что её сын — немецкий агент. Видя, как избит Хромов, она умоляет чекистов больше не бить его, и просит сына признать всё, что от него потребуют.

Шиповалов арестовывает и избивает также лодочника, переправлявшего Хромова через границу. Он арестовывает и врача, оперировавшего Павла Истомина. Того не надо и бить: запуганный врач признаёт всё, что от него требуют — и что он не делал никакой операции, и что Хромов враг народа.

Тем временем Павла арестовывают и сажают на неделю в карцер за самовольный уход с территории разведшколы. После освобождения из карцера Павел отказывается встречаться с Хильдой. Хильда беременна от Павла или Петра. Врач обещает сохранить медицинскую тайну и предлагает Хильде аборт. Хильда сама приходит к Павлу и хочет объясниться, но находит крестик его жены. Она понимает, что он любит другую женщину, устраивает сцену ревности и пытается отобрать крестик. Павел орёт, что любил другую женщину, а её, Хильду, никогда не любил. На следующий день Хильда снова встречается с Павлом, и опять всё заканчивается ссорой. Она отдаёт приказ отправить Павла в трудовой лагерь. Павел пытается объяснить, что она делает хуже себе же: Штайниц её накажет за такое самоуправство. Хильда не слушает. Адъютант везёт Павла в лагерь, но машину перехватывает Штайниц, возвращает Павла обратно и поручает похитить архив Андерса. Вместе со своей группой Павел отправляется на советскую территорию. Штайниц вызывает Хильду и делает ей выговор. Оказывается, он знал о её связи с Павлом, но не хотел вмешиваться в её личную жизнь. Теперь же, когда из-за своей похоти она вредит делу, Штайниц собирается подать рапорт о связи Хильды с представителем низшей расы, после чего её карьера закончится. Заканчивает Штайниц приказом сдать оружие. В ответ Хильда стреляет себе в висок.

Павел и его группа тем временем высаживаются на советской территории. Машка куда-то исчезает. Двое других диверсантов, Довилайтис и Мамедов, оглушают его, связывают и собираются передать в ближайшее отделение НКВД. При этом они называют Павла «фашистской гнидой». Павел пытается убедить их, что он сам — агент НКВД, ему не верят. Он предлагает им посмотреть на подошвы сапог: у них гвозди в подошвах квадратные, а у него круглые. Он объясняет, что квадратные гвозди — у немецких сапог. Он предлагает им посмотреть на скрепки на выданных им фальшивых документах: их скрепки не ржавые, а его — ржавая. Дело в том, что немцы делают свои скрепки из нержавеющей стали. Таким образом их поймают как немецких шпионов. В ходе последующей ссоры Павел говорит, что в случае ареста может им помочь: рассказать в НКВД, как Мамедов из них воровал взрывчатку, собираясь устроить диверсию против немцев. Тот понимает, что Павел видел, как он достал взрывчатку, и не донёс на него. Мамедов освобождает Павла. Довилайтис уходит, но вскоре возвращается: патрули проверяют у населения подошвы сапог. Двое диверсантов готовы подчиняться Павлу.

Архив Андерса едет под усиленной охраной в бронированном вагоне, который называют «сейф на колёсах». У Павла есть план, как его захватить.

За несколько минут до отправки поезда, где должны везти архив Андерса, Павел предъявляет удостоверение НКВД и требует предоставить ему свободный вагон для сопровождения важного арестованного (им переодет один из диверсантов, другой играет подчинённого Павла). В противном случае угрожает расстрелять железнодорожника за саботаж. Получив вагон, Павел и его люди вылезают на крышу, перебираются на крышу бронированного вагона и подсоединяют к вентиляционной трубе аппарат, нагнетающий едкий газ. Затем они спускаются, и охранники сами открывают дверь бронированного вагона. Павел и его друзья кидают гранаты, вбегают в вагон и Павел пытается открыть сейф (одно из умений, которым научили его в НКВД). Тем временем в дымном, полутёмном вагоне то один, то другой из лежащих на полу охранников приходит в себя и начинают стрелять (не все они уничтожены). Павел выносит архив Андерса (толстая тетрадь), но оба его бойца убиты. Оставшись один, Павел зарывает тетрадь.

Павла собираются арестовать. На арест Павла Дёмин посылает Шиповалова. Павел приходит на конспиративную квартиру, но чудом избегает ареста, забариккадировавшись в комнате и нокаутировав Шиповалова. Павел пытает его, и тот признаётся, что Хромов арестован. Павел уходит, но получает ранение в живот.

Павел на корабле. С ним Машка. Оказывается, Машка чуть не утонул, приземлившись в озере, но сумел выплыть и, после долгих поисков, найти Павла. Два дня Павел был без сознания. Машка его выходил. Чтобы спасти Павла, он купил билет на пароход, направляющийся в Иран.

Пароход прибывает в Иран. Павел выходит и приказывает Машке расстаться. Машка злится, но Павел заставляет его уйти. Он идёт по улочкам Тегерана и падает (всё ещё очень слаб из-за раны). Снова появляется Машка и помогает Павлу подняться. Павел разрешает Машке остаться с ним. Машка приводит Павла в снятую им гостиницу.

Павел объясняет Машке, что хочет спасти семью. Машка забрасывает одну страницу из тетради во двор советского полпредства, вместе с предложением вернуть всю тетрадь в обмен на семью Павла и ультиматумом, что говорить Павел будет только с Хромовым.

Хромова посылают в Тегеран с приказом ликвидировать Павла. Туда же едет и сотрудник НКВД, который после ликвидации Павла должен ликвидировать самого Хромова.

Павел и Машка выслеживают двух агентов НКВД в штатском до гостиницы, хитростью проникают в их номер, оглушают их и связывают. Там они находят чуть живого Хромова. На Павла нападают ещё один сотрудник НКВД, но неожиданно появившийся Машка помогает Павлу с ним справиться. Павел повторяет свой ультиматум лично для Хромова и требует сказать, где его семья. Хромов говорит, что не знает (его отстранили от расследования), но уверен, что его семьи уже нет в живых.

Машка достаёт для Павла очки, тот снова видит.

Появляется отец Павла, по его словам случайно увидевший своего сына на улица. В беседе Павел ловит отца на мелких противоречиях и заставляет рассказать правду. Отец Павла признаётся, что он и есть Гельдрих. (Это не настоящая его фамилия: он агент НКВД, работающий под именем Гельдриха.) Первый «арест» отца был в действительности операцией НКВД. Отец предлагает Павлу вместе заниматься шпионажем. Павел обвиняет отца в жестоком и наплевательском отношении к своей семье: из за операции мать Павла арестована и погибла, его брат убит, сам Павел прошёл допросы, арест, лагеря и ссылку. Отец говорит Павлу, что семьи Павла, скорее всего, уже нет в живых. Архива Андерса тоже нет: его подменил Машка, который работал на Гельдриха. Павел хочет убить отца, но не может. Отец, видя, что Павел не смог его убить, презрительно называет его ничтожеством и уходит.

Хромов, в мундире и с орденами, вызван к Берии. Оказывается, всё происшедшее, включая арест Хромова, было сложной операцией НКВД, засекреченной даже от Дёмина и Шиповалова. Хромов обещает Берии "лично провести ликвидацию" (кого именно - пока не ясно) — это будет заключительной частью операции. Берия назначает Хромова комиссаром госбезопасности и приказывает Дёмину передать дела бывшему подчинённому.

Павел, вопреки всему, продолжает ждать Хромова. Тот приезжает и встречается с Павлом в кафе. Павел наводит на него пистолет (спрятанный от других посетителей), угрожает убить и требует сказать, где его семья. Хромов показывает Павлу газету со статьёй о смерти его отца в Англии, найденного с огнестрельным ранением. Он объясняет, что операция завершилась успешно: Гельдрих убит, а немцам подсунут фальшивый архив Андерса. По словам Хромова, НКВД и дальше хочет работать с Павлом, а семья Павла ждёт его на пирсе: сыну захотелось посмотреть море.

В главных ролях

Дарья Мороз и Евгений Миронов на съёмках фильма «Апостол»

Евгений Миронов — близнецы Пётр Истомин и Павел Истомин
Николай Фоменко — капитан НКВД Хромов Алексей Иванович
Дарья Мороз — Лидия Сергеевна Истомина, библиотекарь, жена Павла Истомина
Андрей Смирнов — Истомин Аркадий Андреевич
Лариса Малеванная — Хромова Евгения Тихоновна
Юрий Назаров — комиссар НКВД Владимир Семёнович Дёмин
Алёна Бабенко — Рита

Съёмки сериала проходили в Серпуховском районе Московской области, Москве, Тунисе, в городе Кириллов, в Кирилло-Белозерском монастыре, где снимались сцены в диверсионной школе абвера, Праге
Актрису Дарью Мороз для съёмок в сериале пришлось побрить наголо

В фильме звучат песни: «Катюша» М. А. Блантера, «В землянке», К. Я. Листова